初期轻症：起病较急，主要表现为发热，手、足、口、臀等部位出疹（斑丘疹、丘疹、小疱疹），可伴随咳嗽、流涕、食欲不振等症状。消退后不留痕迹，无色素沉着。多在一周内痊愈，预后良好。

少数重症：少数患儿（尤其是小于3岁的婴幼儿）病情进展迅速，在发病1～5天左右会出现脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎、肺水肿、循环障碍等严重并发症，乃至危及到生命。相关主要症状有：持续高热（体温大于39℃），精神萎靡，肢体抖动，易惊，呼吸加快，冷汗，四肢发凉等。

部分手足口病例（多见于cv-a6、cv-a10感染者）在病后2～4周有脱甲的病症，新甲于1～2月长出。